Examen cytobactériologique des urines - Ledamed

Examen cytobactériologique des urines
par Catherine Dupeyron Biologiste, hôpital Albert-Chenevrier, Créteil, France. Les infections urinaires sont très fréquentes. Souvent considérées comme
banales et bénignes, elles peuvent aussi avoir des conséquences
pathologiques sévères et entraîner des complications graves, notamment des
atteintes de la fonction rénale. Le diagnostic d'infection urinaire évoqué sur l'examen clinique du malade
sera confirmé si possible par l'analyse cytobactériologique des urines
(ECBU). Si l'ECBU n'a pas une grande importance pour une simple cystite (pas de
fièvre), il est essentiel pour les infections autres (pyélonéphrite avec
fièvre, douleurs lombaires). Cet examen comprend plusieurs étapes: - l'examen direct pour rechercher des leucocytes et des bactéries dans les
urines ; - la culture quantitative de l'urine considérée comme l'examen de référence
qui permet un diagnostic de certitude ; - l'antibiogramme qui est l'étude de la sensibilité aux antibiotiques de la
bactérie responsable, et qui permet d'adapter le traitement. Il s'agit d'un examen simple à réaliser, mais dont la qualité repose sur le
respect d'une méthodologie rigoureuse. I. Contexte clinique Les principales circonstances de demande d'un ECBU sont: - la présence de signes cliniques (tableau n° 1) cystite, pyélonéphrite,
prostatite ; - une fièvre isolée surtout chez le nourrisson ; - une hématurie, une pyurie, des tests de dépistage positifs ; - une prescription systématique chez des patients à risque : diabétiques,
grabataires, problèmes urologiques, porteurs de sonde, femmes enceintes,
bilan pré-opératoire etc. - un contrôle de traitement. L'ECBU n'est pas obligatoire en cas de cystite aiguë de la femme de moins
de 65 ans, sans antécédents, en dehors de la grossesse.
Il. Recueil des urines L'urine contenue dans la vessie est normalement stérile mais elle peut être
contaminée lors de la miction par la flore normale qui colonise
habituellement l'urètre. Pour limiter cette contamination on doit
recueillir l'urine du milieu de la miction et éliminer celle du début qui
aura entraîné la majeure partie des bactéries de l'urètre. L'urine peut être recueillie à n'importe quel moment de la journée, mais au
mieux le matin après que le patient soit resté au moins 3 heures sans
uriner. La toilette locale est très importante : gland prépuce relevé chez l'homme,
pourtour urinaire, grandes et petites lèvres chez la femme, avec un savon
antiseptique doux, puis rinçage à l'eau. Le premier jet (environ 20 ml)
est éliminé et le deuxième jet est ensuite recueilli dans un récipient
stérile. Il est important de bien expliquer au patient comment exécuter le
prélèvement.
Cas particuliers : Chez l'homme en cas de suspicion de prostatite on recueillera le premier
jet, pour augmenter les chances d'isolement de la bactérie responsable qui
est souvent en faible quantité. Chez la femme en cas de pertes ou de règles, on devra mettre en place une
protection vaginale. Chez le nourrisson, on peut utiliser une poche plastique stérile, que l'on
applique sur la peau, mais qui ne doit pas rester en place plus de soixante
minutes. Chez le patient porteur d'une sonde, on ne doit pas prélever dans la poche
où la pullulation bactérienne est importante, mais par ponction directe
dans la sonde après désinfection ou dans la chambre à prélèvement lorsqu'il
y en a une.
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III. Conservation et transport Le flacon doit être bouché hermétiquement, étiqueté précisément avec la
date et l'heure du prélèvement et acheminé le plus rapidement possible au
laboratoire. L'urine ne doit pas séjourner plus d'une heure à température
ambiante pour éviter toute multiplication bactérienne. Elle peut être
conservée à 4°C pendant 24 heures en cas de nécessité. IV. Examen cytobactériologique 1. Examen macroscopique Homogénéiser l'urine par retournement du flacon et noter l'aspect limpide
ou trouble et la présence d'une éventuelle hématurie. 2. Examen microscopique Il comprend un examen cytologique et un examen bactériologique. 3. Examen cytologique L'examen en cellule de Malassez permet de dénombrer les éléments figurés
contenus dans un volume donné de l'urine à étudier. Leur concentration est
exprimée par millilitre (ml). Cette technique est préférable à l'examen de l'urine entre lame et lamelle
qui conduit à un résultat rendu en croix ou par champ microscopique, moins
reproductible et plus difficile à interpréter, car soumis à l'appréciation
de la personne qui réalise l'examen. Une urine non infectée contient moins de 10 000 leucocytes et moins de 5
000 hématies par ml. Une infection urinaire se traduit le plus souvent par la présence de : - 50 000 leucocytes/ml, parfois en amas
- 1 0 000 hématies/ml ;
- des cellules du revêtement urothélial - la présence de cylindres leucocytaires est importante à prendre en
compte ; - la notion d'altération des leucocytes n'apporte pas d'informations
complémentaires. La présence de nombreuses cellules d'origine vaginale doit évoquer une
contamination et entraîner éventuellement le rejet de l'examen. 4. Examen bactériologique L'examen du frottis du culot de centrifugation coloré au Gram permet
d'observer les microorganismes présents, et d'orienter éventuellement le
choix des milieux de culture dans certains cas particuliers. Cet examen permet au biologiste de donner très rapidement une orientation
sur la bactérie responsable, utile pour le choix du traitement de première
intention. 5. Culture Elle permet l'isolement des bactéries et leur numération. Elle doit être
quantitative par ensemencement d'une quantité connue d'urine étalée au
râteau sur un milieu gélosé en boîte de Pétri, soit par dilution (50 µl?l
d'urine diluée au 1/100e par exemple) soit avec une anse calibrée (1 µ?l
par exemple). Le milieu gélosé de CLED (cystéine, lactose, électrolyte déficient)
convient à la culture des principales bactéries responsables d'infection
urinaire. Dans des cas particuliers à la suite de l'examen direct on
ensemencera une gélose au sang ou une. gélose chocolat sous
10 % de CO2 pour la culture des bactéries exigeantes. Après 18 h d'incubation à l'étuve à 37° C, chaque bactérie ou amas de
bactéries présent dans l'urine donne naissance à une colonie visible à
l'oeil nu (unité formant colonie UFC). Le nombre de bactéries par
millilitre est apprécié en comptant le nombre d'UFC sur la gélose, et en
rapportant au volume d'urine ensemencé. L'absence de culture lorsque des bactéries ont été vues à l'examen direct,
chez un malade non traité par des antibiotiques doit conduire à refaire
l'ECBU : en présence de bactéries au Gram il faudra suspecter des bactéries
déficientes ou inhabituelles et utiliser alors des milieux de culture
appropriés plus riches (gélose au sang frais ou au sang cuit : gélose
chocolat) et incuber en atmosphère contenant 10 % de CO2.
Certains laboratoires utilisent comme milieu pour le dénombrement et la
culture, des lames recouvertes de milieu gélosé prêtes à l'emploi que l'on
immerge dans l'urine. Le prix de revient est supérieur à celui de la
technique en boite de Pétri et la qualité des isolements est moins bonne. 6. Identification L'identification est orientée par l'examen des frottis colorés au Gram
effectués à partir des différents types de colonies isolées, la recherche
de la catalase pour les bactéries à Gram positif et d'une cvtochrome-
oxydase pour les bacilles à Gram négatif. L'identification est réalisée
par l'étude des caractères biochimiques avec des milieux traditionnels ou
des galeries commercialisées prêtes à l'emploi. 7. Interprétation C'est une partie très importante de l'ECBU. Elle s'appuie sur : la
leucocyturie, la bactériurie, la nature des espèces en cause et le fait que
l'on retrouve un seul ou plusieurs types de bactéries à la culture. Ces données doivent être complétées par la connaissance du contexte
clinique,: d'éventuels antécédents urologiques du sexe, et de la notion de
traitement antibiotique récent ou en cours. L'urine est normalement stérile ou ne contient que des germes de
contamination en faible quantité ( à 100 000/ml. La présence de leucocytes en quantité anormale, sans bactérie visible à
l'examen direct, et une culture négative, doivent faire suspecter une
infection des voies urinaires à bacille tuberculeux. Il s'agit là d'une
recherche particulière, qui doit être effectuée sur la première miction des
urines de la nuit, après restriction hydrique. Le tableau n° 2 résume les différentes situations qui peuvent être
rencontrées et la conduite à suivre. 8. Antibiogramme Du fait de l'augmentation croissante des résistances acquises aux
antibiotiques, l'antibioramme doit être réalisé dans tous les cas
d's'infection urinaire ayant fait l'objet d'une prescription d'ECBU. On étudiera les principaux produits à forte élimination urinaire,
utilisables par voie orale ou sous forme injectable, disponibles dans le
pays. La méthode de référence et la plus fréquente est la méthode par diffusion
en milieu gélosé, reposant sur l'emploi de disques chargés d'antibiotiques.
Elle doit être bien standardisée, l'épaisseur de la gélose, la densité de
l'inoculum et la bonne conservation des disques étant les points les plus
importants. Des galeries prêtes à l'emploi peuvent être également utilisées, mais
généralement leur coût est nettement supérieur.