l'examen des urines - bioltrop

EXAMEN CYTO-BACTÉRIOLOGIQUE DES URINES PLAN
PRÉAMBULE : Les différents examens de l'urine
GÉNÉRALITÉS sur la cyto-bactériologie des urines
PRÉLÈVEMENT D'URINE
FICHES TECHNIQUES
FT 1 : Examen cytologique
FT 2 : Mise en culture, dénombrement bactérien
FT 3 : Milieux, tests, galerie d'identification
TABLEAU 1 : Orientation à partir de l'isolement sur
BCP
TABLEAU 2 : Identification à partir de la galerie
réduite
ANNEXES
Annexe 1 : Equipement du laboratoire pour la mise en place de
l'analyse Annexe 2 : Fiche de prélèvement d'urine
à l'usage du personnel médical et des patients Mise à jour : Octobre 2006
Odette Terry, Sophie Le Cam, Yves Gille. PREAMBULE Les différents examens de l'urine
Suivant le contexte clinique, différents examens peuvent être réalisés sur
une urine, apportant une somme d'informations utiles au médecin. Les différents examens réalisables (du plus simple au plus compliqué) sont
: Biochimie simple des urines
(semi-quantitative avec des bandelettes ou en
spectrophotométrie)
. Glycosurie
. Protéinurie
. Densité urinaire
Examen microscopique à l'état frais :
Recherche de leucocytes, de globules rouges, de cellules épithéliales, de
cylindres granuleux, d'une flore microbienne, d'?ufs de parasites... Examen microscopique d'un frottis urinaire coloré au Gram :
Description de la flore bactérienne éventuellement présente. Ensemencement bactériologique :
Dénombrement des bactéries, isolement et identification de l'espèce
majoritaire. Réalisation de l'antibiogramme :
Non abordée dans ce document.
GÉNÉRALITÉS Sur la cyto-bactériologie des urines 1 But : Affirmer le diagnostic d'infection urinaire et guider le choix d'un
traitement antibiotique. 2 Signes cliniques : Chez la femme : brûlures mictionnelles et mictions fréquentes
(cystite)
Chez l'homme, mêmes signes mais si l'on exclut les urétrites, les
cystites sont rares.
L'infection urinaire peut se compliquer de pyélonéphrite, généralement avec
fièvre. 3
4 Signes biologiques : * Urine normale :
A la macroscopie une urine normale est jaune clair et limpide.
A l'observation microscopique entre lame et lamelle (cytologie) on
observe :
- un nombre très faible de GB ou de GR < 10/mm3 (ou à 104 /ml), non
altérés
- de rares à quelques cellules épithéliales (cellules vésicales), plus
nombreuses pendant les menstruations
- la présence ou non de cristaux variables (selon l'alimentation)
- pas de germes à l'examen entre lame et lamelle, l'urine normale est
STÉRILE
* Urine infectée :
Pour conclure à une infection urinaire le nombre de GB doit être
supérieur ou égal à 10/mm3 (104 /mL). Si le nombre de GB est très élevé,
on parle de pyurie.
Parallèlement le nombre de bactéries est en général égal ou supérieur à
105/mL
Savoir que :
- Une leucocyturie sans bactérie visible doit évoquer une tuberculose
urinaire ou une infection urinaire décapitée par un prise d'antibiotiques.
- Les infections urinaires sont le plus souvent mono-microbiennes,
très rarement di-microbiennes.
- Le prèlèvement doit être considéré comme contaminé si :
- présence de germes sans GB
- plus de 2 germes en quantité comparable
Dans le cas de prélèvement contaminé, obligation de prélever un nouvel
échantillon d'urine.
- Sans mise en culture, le ou les germes infectieux ne peuvent être
identifiés. Cependant, les résultats du Gram et la morphologie de l'espèce
dominante sont une indication précieuse pour le praticien.
Retenir que : 80 % des infections sont dues à Escherichia coli
10 % sont dues à des Proteus (très mobiles)
10 % restant sont dues à des Klebsiella, entérocoque,
staphylocoques.
Les tuberculoses rénales avec élimination de BK dans l'urine ne sont pas
envisagées dans cet exposé. 2 L'ECBU en résumé :
3 [pic]
1
2 4 PRÉLÈVEMENT DES URINES La qualité des résultats de toute analyse est liée à la qualité de la
réalisation de chacune des étapes. Une chaîne n'est jamais plus solide
que son maillon le plus faible !
Le prélèvement étant la première étape, la qualité de sa réalisation
conditionne la fiabilité de l'ensemble des résultats de l'analyse.
Un mauvais prélèvement conduit à des résultats erronés Recueillir dans un flacon stérile *, les urines :
- du matin, de préférence (à défaut sans avoir uriné depuis 3 heures)
- avant tout traitement antibiotique
- après nettoyage, rinçage et séchage par tamponnement du méat
urinaire.
Mode de recueil à mi-jet : C'est le point absolument essentiel !
La patiente écarte les lèvres vulvaires d'une main puis commence à
uriner en maintenant les lèvres écartées. Après 7 à 8 secondes de
miction, elle remplit ce flacon et, sans cesser d'uriner, le retire,
ferme le flacon, se lave les mains, rince l'extérieur du récipient et le
sèche.
Le patient décalotte le gland d'une main et en le maintenant décalotté,
commence à uriner. Après 10 à 15 secondes de miction il approche le
flacon du jet, remplit ce flacon et, sans cesser d'uriner, le retire,
ferme le flacon, se lave les mains, rince l'extérieur du récipient et le
sèche.
Le flacon doit être transmis au laboratoire le plus rapidement possible,
si impossibilité, le conserver au réfrigérateur pour empêcher la
multiplication des germes.
* A défaut de flacon stérile, on peut réutiliser un flacon soigneusement
lavé, trempé au moins 10 mn dans de l'eau de Javel à 12°chlore diluée
100 fois c'est-à-dire au 1/100 (pour être sur de son efficacité anti-
bactérienne possibilité d utiliser l'eau de Javel diluée au 1/50),
rincé abondamment, puis séché au moins plusieurs heures au soleil,
ouvert sous un linge fin et propre.
FICHES TECHNIQUES Fiche technique 1 : Examen cytologique Il se réalise, au microscope, sur l'urine fraîchement prélevée. 1- Réalisation de la préparation et observation microscopique à l'objectif
x40 * Réalisation de la préparation :
- homogénéiser soigneusement l'urine par retournement du flacon
d'urine correctement bouché
- déposer sur une lame, à l'aide d'une pipette propre (pas
obligatoirement stérile), une goutte d'urine (sa taille doit être
suffisante pour occuper la totalité du volume sous la lamelle mais pas
trop grosse de façon à ce que l'urine ne déborde pas de la lamelle)
- recouvrir d'une lamelle. * observation au microscope (objectif x40)
Explorer soigneusement la totalité de la lamelle pour repérer et quantifier - les éléments cellulaires : leucocytes, hématies, cellules
épithéliales, rénales, ou autres
- la flore microbienne : bacilles ou coques, éléments mycéliens ou
levures
éventuellement si leur nombre est important :
- les cristaux, les cylindres granuleux (mieux repérable à l'obj x10)
- les parasites tels ?ufs de schistosomes, Trichomonas vaginalis
(difficiles à repérer, surtout s'ils sont immobiles)
Les critères d'une infection sont :
- un nombre de leucocytes supérieur à 104 / mL ( 10 / mm3) ce qui
correspond environ à 1 leucocyte tous les 10 à 20 champs microscopiques
- un nombre de bactéries supérieur à 105 mL ce qui correspond à
environ 1 bactérie par champ Lors de l'examen de la lame au microscope chaque élément est "coté", c'est-
à-dire apprécié semi-quantitativement.
Cotation dans le cas des leucocytes : |Cotation |Quantification |Evaluation |Observation à l'obj x|
| | |approximative |40 |
|0 |Très rare ou |0 GB/mm3 |0 à 1 dans 30 à 40 |
| |absence de... | |champs |
|+ |Quelques |10 GB/mm3 |1 pour 10 à 20 |
| | | |champs |
|++ |Assez nombreux |100 GB/mm3 |1 pour 1 à 2 champs |
|+++ |Nombreux |100 à 500 GB/mm3 |1 à 5 / champs |
|++++ |Très nombreux |>500 GB/mm3 |Plus de 10 GB par |
| | | |champ, isolés ou en |
| | | |amas | Retenir qu'une urine non infectée ne présente que 2 à 3 leucocytes après
examen d'un bon nombre de champs microscopiques.
1 3- Observation microscopique après coloration de Gram, objectif x100
La coloration de Gram ne se réalise que si à l'examen entre lame / lamelle
on été observés quelques leucocytes et des bactéries. Pratiquer ainsi :
- Retirer délicatement la lamelle, si possible avec une pince pour ne pas
se souiller les doigts ou en la poussant avec un petit morceau de bois
(bout d'allumette)
- Sécher le dépôt urinaire et le fixer à la chaleur par quelques passages
dans la flamme du bec à gaz
- Réaliser une coloration de Gram
- Observer le frottis sec au microscope : obj x100, à immersion. La lecture de la lame colorée renseigne sur la flore :
-l'absence ou la présence de germes
- les différentes morphologies si plusieurs types de germes différents
(coques, bacilles, levures) avec les proportions relatives de chaque
types
- la couleur au Gram : G+ (violet), G- (rose)
- le mode de groupement (amas, chaînettes,...)
Fiche technique 2 :