syllabus - Biochimie Toulouse - Université Paul Sabatier

Université Paul Sabatier
UNITE DE FORAMTION ET DE RECHERCHE
DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA TERRE (UFR SVT)
Bâtiment IV R 3 - 118 route de Narbonne - 31062 Toulouse Cedex 4
( 05.61.55.67.20 ou ( 05.61.55.81.88 Resp.Adm. : (05.61.55.69.30
syllabus LICENCE 3ème année
Mention Sciences de la Vie et de la Santé (SVS)
Parcours : BBM
SYLLABUS L3 SVS ( biochimie et biologie moleculaire (bbm)
Enseignant Responsable : Eric CLOTTES ( 05 61 17 55 40 (
clottes@ipbs.fr
SECRETARIAT PEDAGOGIQUE ( Noelle VERGUES, IBCG, 118 Rte de
Narbonne
(05 61 33 58 98 ( secens@ibcg.biotoul.fr
L3 SEMESTRE 5 3L5BM1M - BIOCHIMIE STRUCTURALE ET MECANISMES REACTIONNELS I
(obligatoire pour le parcours BBM) Enseignant Responsable : Eric CLOTTES
Secrétariat Pédagogique : Noelle VERGUES
( IBCG 118 route de Narbonne ( 05.61.33.58.98 ( secens@ibcg.biotoul.fr Coordonnées des Enseignants Responsables :
Chimie : Colette DENIER
( IMRCP, UMR 5068, 118 route de Narbonne, Bât. 2R1
( 05 61 55 64 85 ( denier@mail.cict.fr
Biochimie : Maryelle TROPIS
( IPBS 205 route de Narbonne 31077 Toulouse
( 05 61 17 55 67 ( tropis@ipbs.fr |Enseignement de Semestre 5 - 9 ECTS |
| | | | |Enseignement |
|MATIERE |COURS (h) |TD (h) |TP (h) |de terrain |
| | | | |(nombre de |
| | | | |jours) |
|chimie |16 |12 |12 |x |
|biochimie |32 |24 |24 |x | Equipe Pédagogique : C ALBENNE, F BARDOU, C BAUDOUIN, S CASSEL, E CLOTTES,
C DENIER, M DUCOUX-PETIT, P HOFFMANN, B MESTRE, Y POQUET, V PUECH-PAGES, M
TROPIS. Mots clés : réactivité, catalyse, stéréochimie, molécules biologiques,
relations structure/fonction Objectifs/Généralités : Ce module est un enseignement intégré pour la
compréhension de la structure des molécules biologiques (protéines, acides
nucléiques, glucides et lipides) qui s'appuie, en partie, sur des notions
de chimie organique. Les différentes stratégies mises en ?uvre lors de la
détermination structurale de ces molécules seront développées avec
l'approche protéomique, les techniques de détermination de structure de
polysaccharides et lipides.
L'objectif final est de comprendre les relations structure/fonction d'une
molécule biologique.
Cours/Enseignements théoriques : Chimie : notions générales sur les mécanismes réactionnels, catalyse acido-
basique, réactivité de la fonction carbonyle et des fonctions alcool,
réactivité des esters phosphoriques.
Biochimie : structure des glucides, lipides, protéines, acides nucléiques.
Travaux Dirigés/Enseignements dirigés : Applications du cours au travers d'exercices traitant de résultats
scientifiques récents. Correction d'annales. Travaux Pratiques/Enseignements pratiques :
Cinétiques chimiques et enzymatiques, modèles moléculaires, analyse de
publications scientifiques en anglais, extraction et analyse de lipides et
de glucides, séquençage de protéines. (((
3L5BM2M - METABOLISME ET ENZYMOLOGIE (obligatoire pour le parcours BBM) Secrétariat Pédagogique : Noelle VERGUES
( IBCG 118 route de Narbonne ( 05.61.33.58.98 ( secens@ibcg.biotoul.fr Enseignant Responsable : Fabien LETISSE
Coordonnées de l'Enseignant Responsable :
( Laboratoire Biotechnologie - Bioprocédés UMR CNRS 5504 UMR INRA 792
LBB/INSA, 135 Avenue de Rangueil, 31077 TOULOUSE
( 05.61.55.94.07 ( letisse@insa-toulouse.fr |Enseignement de Semestre 5 - 6 ECTS |
| | | | |Enseignement |
|MATIERE |COURS |TD |TP |de terrain |
| | | | |(nombre de |
| | | | |jours) |
|biochimie |22 h |20 h |18 h |x | Equipe Pédagogique : N. EYNARD, C. LEBRUN, F. LETISSE, I. MULLER, J.C.
PORTAIS. Mots clés : potentiel phosphate, voies anaplérotiques, anabolisme,
régulation métabolique Objectifs/Généralités : L'enseignement de ce module sera centré sur une
compréhension du métabolisme dans le contexte de la cellule vivante. Il
s'articulera autour de deux grands aspects : l'anabolisme et la régulation
du métabolisme, en incluant des compléments (métabolisme des acides aminés,
métabolisme des lipides).
Cours/Enseignements théoriques : Voies anaboliques : biosynthèse des précurseurs métaboliques Régulation et contrôle du métabolisme
Après avoir défini les notions de régulation et de contrôle, une première
partie du cours sera consacrée à l'examen des bases enzymatiques du
contrôle du métabolisme, en incluant les mécanismes de contrôle
allostérique. Ensuite, la notion de régulation concertée du métabolisme
sera introduite et développée à partir de l'exemple de la régulation du
potentiel phosphate.
Enfin, cette notion de régulation concertée sera appréhendée au travers de
la transition catabolisme/anabolisme, en s'appuyant sur deux exemples
importants :
o Le métabolisme azoté et les voies anaplérotiques,
o Le métabolisme lipidique.
Travaux Dirigés/Enseignements dirigés : Applications du cours au travers d'exercices traitant de résultats
scientifiques récents. Travaux Pratiques/Enseignements pratiques :
Caractérisation de la fructose-1,6-bisphosphate phosphatase
Régulation de la fructose-1,6-bisphosphate phosphatase
Quantification de métabolites intracellulaires de la levure associés au
fonctionnement de Régulation de la fructose-1,6-bisphosphate phosphatase in
vivo. (((
3L5BM3M - BIOTECHNOLOGIES 1 : LES GRANDES TECHNIQUES EN BIOLOGIE
MOLECULAIRE (obligatoire pour les parcours BBM et BI)
Secrétariat Pédagogique : Noelle VERGUES
( IBCG, 118 route de Narbonne ( 05.61.33.62.38 (
secens@ibcg.biotoul.fr Enseignant Responsable : Vincent ECOCHARD
Coordonnées de l'Enseignant Responsable :
( IPBS 205 route de Narbonne 31077 Toulouse
( 05 61 17 59 51 ( vincent.ecochard@ipbs.fr |Enseignement de Semestre 5 - 6 ECTS |
| | | | |Enseignement |
|MATIERE |COURS |TD |TP |de terrain |
| | | | |(nombre de |
| | | | |jours) |
|biotechnologies|22 h |18 h |20 h |x | Equipe pédagogique : V. ECOCHARD, D. FOURNIER, L. NIETO, L. PAQUEREAU Cours/Enseignements théoriques :
- Clonage de gènes, mutagenèse
- Analyse de la transcription
- Expression des protéines (en bactéries, levures, cellules d'insecte...)
- Interaction protéines/protéines et protéines/acides nucléiques Travaux Dirigés/Enseignements dirigés :
- Sous forme d'exercices : analyse (par Southern-blot et PCR) d'un
polymorphisme associé à une maladie génétique (la drépanocytose), clonage
d'ADNc par RT-PCR, banque d'ADN génomique, analyse transcriptionnelle et
analyse des interactions moléculaires (protéines/protéines et
protéines/acides nucléiques) Travaux Pratiques/Enseignements pratiques :
- Amplification par PCR d'une partie d'un ADNc codant un facteur de
transcription, ligation dans un vecteur d'expression procaryote
- Production chez E.coli et purification de la protéine précédente,
interaction ADN/protéine sur gel retard
- Initiation à la bioinformatique en biologie moléculaire : recherche de
cadre de lecture, carte de restriction, analyse d'amorce de PCR,
alignement de séquence ...
(((
3L5BM4M - TECHNIQUES EXPERIMENTALES EN BIOLOGIE (obligatoire pour les
parcours BBM et BI,option 3)
Secrétariat Pédagogique : Noelle VERGUES
( IBCG, 118 route de Narbonne ( 05.61.33.62.38 (
secens@ibcg.biotoul.fr Enseignant Responsable : Yannick POQUET
Coordonnées de l'Enseignant Responsable :
( IPBS, 205 Rte de Narbonne, 31077 Toulouse
( 05.61.17.54.64 ( yannick.poquet@ipbs.fr |Enseignement de Semestre 5 - 6 ECTS |
| | | | |Enseignement |
|MATIERE |COURS |TD |TP |de terrain |
| | | | |(nombre de |
| | | | |jours) |
|biochimie |20 h |20 h |20 h |X |
Equipe Pédagogique : François COUDERC, Isabelle LEGER, Florence LEVILLAIN,
Yannick POQUET, Michel PRATS, Alain VERCELLONE Objectifs/Généralités : L'objectif de ce module est de présenter les
différentes techniques expérimentales couramment utilisé en biologie pour
la purification (différentes techniques chromatographiques et
d'électrophorèse, stratégie de purification...), le marquage (par
fluorescence, radioactivité...), l'analyse et la caractérisation
(sédimentation, spectrophotométrie et fluorimétrie classique et résolue
dans le temps, ) ainsi que la localisation in situ (différents types de
microscopies, marquage et observation in situ) de molécule d'intérêt. Travaux Dirigés :
Analyse de résult