TD Virologie n°2

Planning des examens (Semestre 2). Licence 3 Alimentation et Nutrition. Module. Date. Horaire. Local. Surveillants. Examen TD Biostatistique. Jeudi 8/05/2014.


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TD Virologie n°2 ('TP4' sur la liste de la fac)
25/11/08 de 14 à 17h
Dr Diane Descamps et C. Scieux
Ronéotypeurs : Alouache Lakhdar et Aptecar Leticia Partie I : Diagnostique virologique des infections virales digestives Partie II : Diagnostique virologique des infections virales respiratoires
Partie I : Diagnostique virologique des infections virales digestives I ) Gastro-entérites virales, généralités.
A- Clinique
B- Epidémio
1/ Incidence
2/ Transmission
3/ Deux modes épidémiologique
4/ Les virus en cause
II )Gastro-entérites virales, quels virus ?
A- Rotavirus
B- Calicivirus
C- Astrovirus
D- Adénovirus
E- Virus Aichi
F- Tableaux récapitulatifs (à connaître) III) Gastro-entérites virales, diagnostique.
A- Indications
B- Prélèvements
C- Méthodes de diagnostique direct
1/ Culture
2/ Microscopie électronique
3/ Détection des Antigènes
a. Test d'agglutination
b. Immuno-chromatographie
c. ELISA
4/ Détection du génome (Biologie moléculaire)
a. PCR et RT-PCR puis séquençage
b. PCR et RT-PCR puis électrophorèse
5/ Sérologie
D- Prévention
1/ Mesures d'hygiène
2/ Prévention vaccinale : Rotavirus IV) Sujets susceptibles de tomber selon la prof Légende
Les items clés sont en gras,
Les notions uniquement nécessaires à la compréhension (commentaires de la
prof, contenu de certaines diapo,...) sont en italique.
Lorsque quelque chose doit absolument être retenu, c'est signalé
Partie II : Diagnostique virologique des infections virales respiratoires : I. Virus responsables des infections virales :
A. Principaux virus
B. Virus Influenza
1. Influenza A
2. Influenza B et C
II. Epidémiologie :
A. Epidémiologie Influenzae
1. Surveillance
2. Transmission
a. Transmission inter humaine
b. Transmission inter espèces
B. Epidémiologie VRS
1. Transmission III. Indications du diagnostique virologique :
A. En règle générale
B. Virus Influenza A et B
C. VRS IV. Prélèvements :
A. Habituellement
B. En cas de suspicion de grippe aviaire
V. Examens virologiques :
A. Techniques rapides
1. Immunofluorescence
2 .Test unitaires
B. Cultures cellulaires
C. Biologie moléculaire
VI. Vaccins et antiviraux.
A. Influenza A/B
1. Vaccins
2. Antiviraux
B. VRS
La prof n'a pas souhaité nous faire partager son diaporama, mais elle avait
l'intention de les mettre sur le site de la fac. Un polycopié a été
distribué en cours.
Partie I : Diagnostique virologique des infections virales digestives I ) Gastro-entérites virales, généralités.
A- Clinique : . Une gastro-entérite est une infection inflammatoire,
caractérisée par une diarrhée (émission brutale et fréquente de selles
liquides et abondantes),
pouvant être causée par une multitude d'agents pathogènes. La diarrhée s'accompagne souvent de vomissements,
parfois de poussées de fièvre,
mais les symptômes varient en fonction des individus. Le risque principal de la gastro-entérite est la déshydratation de
l'organisme.
C'est un problème majeur en particulier chez le nourrisson qui ne pense pas
à s'hydrater et chez les personnes âgées qui ressentent moins la sensation
de soif. . Les gastro-entérites virales
- sont très fréquentes,
- d'incubation courte,
- provoquent des troubles digestifs aigus et de courte durée,
- des signes généraux discrets,
- et sont spontanément résolutives.
Les gastro-entérites virales représentent l'un des premiers motifs de
consultation en médecine et principalement en pédiatrie. (3 millions/an en
France) . Elles concernent toutes les tranches d'âge, mais elles sont plus
fréquentes et plus sévères chez les enfants de moins de 3 ans.
Il s'agit d'ailleurs de la première cause d'hospitalisation des
nourrissons. Le but étant de les réhydrater en intra veineuse.
Ces différences liées à l'âge pourraient, au moins partiellement, être
expliquées par des phénomènes physiologiques.
Par ailleurs, les infections successives survenant durant l'enfance
permettent l'acquisition d'une immunité protectrice. D'autres facteurs
tels que malnutrition et co-infections bactériennes seraient également des
éléments intervenant dans la gravité des gastro-entérites. . Diagnostique différentiel :
La diarrhée peut également être un signe d'autres pathologies :
- infections systémiques (septicémies...)
- intolérances digestives (aspartam, lactose...)
- maladies auto-immunes (Crohn...)
ou secondaire à un traitement antibiotique (C. difficile).
Un interrogatoire précis et le contexte clinique permettra d'éliminer ces
autres hypothèses.
B- Epidémio : 1/ Incidence :
Dans les pays développés, la prise en charge représente un coût économique
important.
Dans les pays en voie de développement (PVD), les conditions socio-
économiques et une mauvaise prise en charge conduisent au décès de 600.000
personnes /an.
On remarque une augmentation de la prévalence et de la mortalité dans les
régions à faible niveau socio-économique (Afrique, Inde, Asie de Sud). 2/ Transmission :
[pic]
Explication du schéma :
Il y a un réservoir humain et un réservoir animal. L'environnement peut être contaminé par les déjections animales ou
humaines (eaux usées par exemple). Seront donc potentiellement contaminés
les fruits, légumes, salades, fruits de mer et eaux de boisson, par
l'intermédiaire desquels l'homme sera contaminé à son tour.
Par la suite, ces virus de gastro-entérites virales peuvent se
transmettre :
-par voie oro-fécale
-par voie aérienne (éternuement, toux,)
-par contact direct entre deux personnes (mains sales)
-par l'intermédiaire d'aliments souillés (par les mains sales ou
l'environnement)
C'est la transmission dite inter-humaine Il est à noter que ces virus sont très résistants dans le milieu extérieur
car ils ne possèdent pas d'enveloppe virale qui, contrairement à ce que
l'on pourrait penser, est un facteur de fragilité chez les virus. 3/ Deux modes épidémiologiques: > Mode Endémique avec dans les pays tempérés, une nette prédominance
hivernale.
La contamination est inter-humaine,
majoritairement par voie oro-fécale mais aussi par aérosols.
Pourquoi l'hiver spécialement? La prof n'a pas su répondre clairement > Mode Epidémies localisées: notamment dans les collectivités(écoles,
lieu de travail).
Elles ont souvent à leur origine une source commune de contamination
: eau, aliment, coquillage...
Puis une transmission inter-humaine secondaire permet l'extension de
l'infection, au sein d'une famille par exemple 4/ Les virus en cause Principalement :
-Rotavirus (plus de 50% des cas)
-Calicivirus du genre Norovirus (10-15%)
Et plus rarement :
-Astrovirus
-Adénovirus 40/41 et 31 Toutefois, les gastro-entérites ont des origines multiples
- virales : 80% des enfants de moins de un an
- bactériennes : Salmonella, Shigella, Campylobacter, E. coli,
Vibrio cholerae...
- parasitaires : Giardia, Cryptosporidium, amibes...
- toxiques : champignons, coquillages infectés par algues toxiques... Le cours du jour concerne les gastro-entérites d'origine virale. Il n'est
pas nécessaire de retenir les autres origines.
La suite du cours elle, est un peu en catalogue ; elle décrit les virus
responsables de ces gastro-entérites II ) Gastro-entérite virale, quels virus ? A- Rotavirus :
1/ Morphologie :
Virus non enveloppé,
Capside icosaédrique en forme de roue (d'où son nom « rota »),
caractéristique en microscopie électronique. 2/ Résistance physico chimique :
Virus très résistant, notamment aux concentrations de chlore utilisées pour
traiter l'eau potable. 3/ Caractéristiques génomiques :
C'est un virus à ARN bi-caténaire fragmenté en 11 segments, chacun codant
pour une protéine virale.
[pic] Explication du schéma : A gauche en a) , les protéines ont migré selon leur poids moléculaire sur
le gel de polyacrilamide. A droite en b), on voit la structure génomique et protéique du rotavirus.
Les protéines VP sont structurales (protéines de la capside) contrairement
aux NSP (non structural protein). 4/ Proteines du Rotavirus
> Les protéines structurales de VP1 à VP7
s'organisent en 3 couches entourant le génome.
-La capside externe est constituée :
De la glycoprotéine VP7 qui est un
antigène majeur de neutralisation. VP7 détermine 14
sérotypes (« type G ») dont 10 infectent l'homme, de G1 à G10. En fait,
selon la nature de la protéine VP7on définit différents sérotypes : G1,
G2..
De la protéine VP4 en forme de spicules (en forme d'aiguille)
Ces spicules ont un rôle dans l'attachement du virus
aux cellules, la neutralisation et la virulence. Elle détermine 13 sérotypes (« type P ») dont 9
infectent l'homme. La majorité des souches humaines sont de sérotype (P)1A
et (P)1B.
VP4 et VP7 étant situés à l'extérieur de la capside, elles sont à l'origine
de la synthèse d'anticorps neutralisants. -La capside intermédiaire est constituée par la protéine VP6 qui est
un antigène de groupe et de sous-groupe. C'est une protéine majeure du
virion. -La capside interne ou core: est constituée par VP2 en majorité,
ainsi que de VP1 et VP3 qui sont des protéines
minoritaires.
Ces trois protéines perme
....